Изграждането на храма започва с разширението на град Бургас. Главен дарител за строителството на църквата е бургаският благодетел Александър Георгиев Коджакафалията, който предоставил земите си в района на днешния комплекс „Братя Миладинови” за ползване от бедни и безимотни жители на града. Комитетът по построяването на храма получава големи парични помощи от Съюза на запасните подофицери, както и от други бургаските църкви и благоверните християни. На 1 април 1934 г. е тъпжествено открит новият храм „Св. Иван Рилски”. През 1951г. старата дървена камбанария е заместена с нова, която днес се намира вляво от входа на храма. В камбанарията са окачени четири различни по големина камбани, най - голямата от които тежи 100кг, втората 60кг, а другите две са по 40кг. Иконостасът е изработен още по време на градежа. Той е висок 3м и дълъг 11,5м. За изписване на иконостасните икони е избран майсторът проф. Николай Кожухаров, участващ със седем икони. На 1.11.1973г. при освещаване на храма в Свeтия престол се поставени части от мощите на Св. Мъченик Вакх.